Le Conservatoire d’espaces naturels d’Auvergne adhère à la Fédération des Conservatoires d’espaces naturels. Créée en 1988, elle a pour mission principale de représenter le réseau  et de favoriser les échanges entre ses membres, afin de renforcer leurs actions sur le terrain. Aujourd’hui, la FCEN réunit les 22 Conservatoires d’espaces naturels de France métropolitaine et outremer.

Le réseau des Conservatoires d’espaces naturels est le premier gestionnaire d’espaces naturels de France. Au total, les Conservatoires d’espaces naturels gèrent un réseau de 3700 sites, soit 180 000 hectares. Ils rassemblent plus de 1000 salariés et 9 300 adhérents.

La FCEN est impliquée dans l’animation du Plan Loire Grandeur nature et du Plan Rhône & Saône, porte le Pôle relais tourbières et assure l’animation du Plan national sur les Chiroptères. Elle organise chaque année des actions de sensibilisation au niveau national, comme l’opération Fréquence Grenouille (sensibilisation aux zones humides) et les chantiers d’automne (gestion et entretien des milieux).