Pour mettre en oeuvre ses actions, le Conservatoire d'espaces naturels d'Auvergne s'appuie sur un réseau de partenaires techniques, scientifiques à l'échelle régionale ou inter-régionale.

Associations

• Chauve-Souris Auvergne
• Conservatoire botanique national du Massif Central
• CPIE Clermont-Dôme
• CPIE de Haute-Auvergne
• Fédération de pêche du Puy-de-Dôme, du Cantal et de la Haute-Loire
• Groupe mammalogique d'Auvergne
• Groupe Odonat'Auvergne
• Ligue de protection des oiseaux (LPO)
• Les pieds à terre
• Observatoire des reptiles d'Auvergne
• Panpa
• Plateforme 21
• Réseau Ecologie Nature (REN) 43
• Société Française d’Orchidophilie - Auvergne
• Société d'Histoire Naturelle et des Amis du muséum d'Autun (SHNA)
• SOS Loire vivante

Syndicats 

• Parc naturel régional d'Aubrac
• Parc naturel régional du Livradois-Forez
• Parc naturel régional des Millevaches
• Parc naturel régional des Monts d'Ardèche
• Parc naturel régional des Volcans d'Auvergne
• SMAT du Haut-Allier
• EPAGE Loire Ligon
• Syndicat Interdépartemental de Gestion de l’Alagnon et de ses affluents (SIGAL)
• SIVU Auze-Ouest- Cantal
• Syndicat des Territoires Est Cantal (SYTEC)
• Valtom 63

Réseau des CEN 

• Centre de Ressources Loire nature
• Pôle Relais Tourbière
• Fédération des Conservatoires d'espaces naturels
• CEN Allier